Sejak tanggal 1 Oktober 2013 berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia nomor 65 tahun 2013 tentang Konversi atau alih status dari IAIN Sunan Ampel menjadi UIN Sunan Ampel Surabaya, maka sejak saat itu Fakultas Sains dan Teknologi UINSA Lahir. Fakultas ini lahir bersamaan dengan 3 fakultas baru lainnya dengan background keilmuan ‘general studies’, yaitu Fak. Psikologi dan Kesehatan , FISIP, serta Fak. Ekonomi dan Bisnis Islam, sebagai konsekuensi dari alih status ini.

Namun demikian operasionalisasi (kegiatan belajar mengajar, serta Tri Dharma yang lain) efektif mulai tahun ajaran baru pada september 2014, dengan di dahului sebelumnya dengan penyiapan SDM, sistem dan perangkat pendukung yang lain, serta rekrutmen mahasiswa baru. Periode kepemimpinan Dekan di awali pada periode pertama tahun 2014-2018 oleh Dekan Bapak Prof. Dr. H. Moh. Sholeh, MPd (PNI). Kemudian dilanjutkan pada periode kedua tahun 2018-2020 oleh Dekan Ibu Dr. Eni Purwati, M.Ag. Selanjutnya estafet kepemimpinan dilanjutkan oleh Dr. Evi Fatimatur Rusydiyah, M.Ag.